L'istituzione del Sacro Monte di Pietà "Amico Canobio" e della Confraternita omonima avvenne il 15 agosto 1566 con un Breve di Pio V.
Il primo Statuto venne redatto dal fondatore in persona, il novarese Amico Canobio, successivamente modificato e rogato dal notaio novarese Scaciga nel 1588. Era gestito da una Confraternita della SS. Pietà nata contestualmente al Monte che aveva anche altre funzioni, come l’assistenza ai poveri, ai carcerati e ai condannati a morte e il prestito senza interessi su pegno. Gli Statuti della Confraternita, in particolare nella loro versione rivista del 1588, prevedevano una società mista, che godeva di privilegi, come portare in processione il Santissimo il Venerdì Santo, e manifestava il suo potere sociale attraverso una variegata offerta di opere di carità. La natura prettamente assistenziale prevaleva su quella religiosa, che sembrava insistere solo sulla comunione frequente e nel suffragio del suo fondatore. Emerge poi la figura predominante e l'accentramento gerarchico voluti da Canobio quale fulcro della Confraternita e quindi nume tutelare.
Nel 1596 veniva aperta anche una spezieria, così da fornire medicine gratuitamente a chi era già soccorso dal Monte, contestualmente erano assunti anche un medico ed un chirurgo. Alla morte del figlio del Canobio, nel 1606, la Confraternita ereditò le sue sostanze, con cui istituì le Scuole Canobiane, dal 1624 affidate ai Gesuiti nella sede di Palazzo Canobio in piazza delle Erbe, e che ebbero vita autonoma fino alla riforma scolastica sabauda del 1772.
Un grande cambiamento nell’amministrazione dei luoghi pii si ebbe nel 1769, quando con le Regie patenti del 6 giugno venne istituita la Congregazione della Carità di Novara. Era composta da venti deputati: il vescovo, il governatore, l’intendente generale, il podestà, quattro canonici (due della Cattedrale e due di S. Gaudenzio), due sindaci, due decurioni e altri otto soggetti rappresentati la comunità divisa per ceti, tra cui quattro cavalieri scelti dai decurioni, due provenienti dalla classe dei dottori e due da quella dei negozianti.
Nel 1811 venne chiuso l'oratorio appartenente alla Confraternita del Sacro Monte di Pietà e il Monte di Pietà concentrato con l’Ospedale Maggiore della Carità per volontà delle autorità francesi all'interno delle soprressioni degli istituti religiosi. Con la Restaurazione il Monte rimase sotto il controllo della Congregazione di Carità, benché con una seppur minima autonomia gestionale. Stipendiava nel 1836 anche quattro medici e somministrava medicinali gratuiti. In qualità di protettore dei carcerati il Monte stipendiava anche il medico delle carceri.
Nel 1866 la Confraternita venne modificata in Pia Società con carattere laico poi trasfomata nel 1875 in Società. Nel 1883 era stato approvato un nuovo Statuto, dove principalmente si permetteva un pensionamento anticipato per i dipendenti del Monte. Nel 1889 il Consiglio comunale, come organo che sovraintendeva alla locale Congregazione di Carità, intervenne nuovamente sullo Statuto del Monte deliberando altre modifiche dirette a meglio definire fra l'altro gli scopi e i limiti delle sue beneficenze e la costituzione della legale rappresentanza del pio istituto, surrogando alla struttura direttiva attuale una Assemblea dei soci a numero determinato, ed un Consiglio di amministrazione, e prescrivendo nuove norme circa la nomina del presidente.
Nel 1938 l'istituzione prende la forma di un Monte di Credito su pegno. L'ente viene soppresso nel 1992, ma cessa la sua attività nel 1996 allorché le sue funzioni vengono attribuite alla Banca Sella.